Antes da chegada dos europeus no continente americano, os nativos reconheciam um terceiro sexo. A homossexualidade ou a transexualidade, ou mesmo o travestilidade, não eram considerados desviantes e rapidamente um indivíduo identificado assim tinha seu espaço respeitado dentro dos grupos, participando do grupo do outro sexo, desenvolvendo papel social referente a este grupo, ou assumindo seu papel como ser diferente e especial. Na América do Sul, conforme relatou o antropólogo Darcy Ribeiro, índios gays e a prática homossexual entre eles não era vista de forma pecaminosa. O português Gabriel Soares de Souza, descreveu em “O Tratado Descritivo do Brasil”, de 1587, que havia em algumas aldeias a casa dos varões, onde homens jovens praticavam sexo com esses indivíduos e ainda entre si. Era comum ver homens entre as mulheres, os tibiras, que assumiam o papel social feminino dentro das culturas pré colombianas.
Nos EUA, cresceu o número de tribos que reconhecem o casamento entre pessoas do mesmo sexo e a difusão da cultura antiga dos dois espíritos. Atualmente, as tribos Coquille (Oregon), Suquamish (Washington), Odawa (Michigan), Potawatomi (Michigan), entre outros territórios, já reconhecem as uniões homoafetivas baseadas nas tradições antigas. Outras chegaram a criar leis contra o casamento gay, apesar da tradição reconhecer os indivíduos com dois espíritos.
No passado, nestas tribos, o homossexual ou transexual era visto como detentor de poderes especiais e normalmente enveredava para o cargo de curandeiro ou mestre, mas não são poucos os relatos de mulheres guerreiras transexuais.
Não faltam exemplos históricos de líderes e registros de transexuais e homossexuais nas tribos nativas norte-americanas, como confirma o site nativeout.com que busca dialogar com as diferentes tribos do país o tema e a igualdade nos matrimônios. No século XVIII, Don Pedro Fages escreveu em seus diários sobre tribos da Califórnia: “Eu tenho tido evidências substanciais de estes homens indígenas que, aqui e mais no interior, estão de vestidos e tem personalidades de mulher, onde há ao menos dois ou três destes em cada aldeia, sodomitas passivos , chamados de joyas, são muito estimados”.
Com a chegada dos europeus, e séculos depois, as comunidades indígenas passaram a discriminar os homossexuais, tanto na América do Sul quanto na América do Norte, havendo registros de assassinatos e expulsão de nativos homossexuais. A homofobia é mais uma doença do homem branco.